Det er ikke noget jeg gør, men ffmpeg har aldrig skuffet mig når det kommer til audio video konvertering eller optagning:
http://ffmpeg.org[...]
Ved ikke hvor bekvemt det er at bruge hvis du er på Windows til gengæld. En hurtig google søgning sagde mig, at det er muligt at konverte .iso (gætter på du ripper en dvd) til .mkv
--